Це перша церква на Забалці, побудована на початку XIX ст., спочатку вона була деревяна, освячена в ім'я Св. Миколи Чудотворця, діяла при військовому морському госпіталі, пізніше, у 1819 році, її вивели з військового відомства і перетворили в звичайну парафіяльну.
З часом церква занепала і виникло питання про будівництво великого кам'яного храму. У 1842 році на кошти нащадка гетьманського роду колезького асесора Якова Андрійовича Дорошенка, в центрі нової ринкової площі, був зведений кам'яний храм Святого Миколи Чудотворця.
Храм побудований в стилі класицизму, з сферичним куполом і двоярусною дзвіницею. В Миколаївській церкві у роки Кримської війни, відспівували захисників Севастополя, які померли в херсонських госпіталях.
У 1920-ті роки храм був повністю розграбований, були вилучені всі церковні цінності. У травні 2007 року, в зв'язку з 165-річчям від дня освячення, Свято-Миколаївський храм отримав статус Морського собору.
Зараз Свято-Миколаївський морський собор - це діючий собор, в якому проводяться богослужіння.
За матеріалами АГООВ Херсонщина
